L'aquaculture intégrée consiste à relier deux ou plusieurs activités agricoles dont au moins une est lié à la pisciculture. Cette intégration offre des possibilités grâce à l'imbrication des systèmes de production. L'intégration de l'aquaculture aux cultures fournit aux ménages des protéines supplémentaires et recycle les déchets agricoles de manière productive. Le principe de base de l'intégration de l'aquaculture et de l'agriculture implique que l'eau et les sédiments de l'étang vont sur la culture pour l'irrigation et la fertilisation, et que les déchets de résidus de culture vont dans l'étang pour nourrir les poissons. L'intégration des deux systèmes permet d'élever des poissons avec moins d'aliments achetés et d'augmenter le rendement des cultures avec moins d'intrants externes. Les cultures les plus couramment associées sont le riz, les autres cultures des zones humides et les légumes. Les cultures irriguées avec les effluents des étangs ont un rendement plus élevé que celles irriguées avec de l'eau seule. De cette manière, les exploitations agricoles à petite échelle et commerciales peuvent rendre leurs systèmes de production plus productifs, plus diversifiés et plus rentables.
Le fait de placer des étangs ou des réservoirs à proximité de terres cultivées ou de serres permet de doubler l'utilisation de leur eau et de leurs nutriments. Les systèmes traditionnels d'étangs ou de réservoirs peuvent être combinés à des pratiques de culture en plein champ ou à des systèmes aquaponiques plus complexes où les plantes sont cultivées dans les effluents des étangs. Les systèmes intégrés peuvent également faire circuler l'eau entre les enclos à poissons et les cultures irriguées. D'une part, les excréments des poissons dans l'eau sont transformés en nutriments qui fertilisent les plantes et, d'autre part, les déchets de la biomasse et les nutriments excédentaires des cultures servent de nourriture aux poissons. Lorsqu'il est correctement mis en place, cet échange permet d'économiser sur le coût des aliments pour animaux, des engrais et de l'eau d'irrigation tout en produisant davantage par investissement et par surface de terrain. La pêche dans les rizières repose soit sur la migration des poissons sauvages des rivières et des canaux, soit sur l'empoissonnement des rizières submergées. L'irrigation avec les effluents des étangs est effectuée dans les champs de légumes ou les serres pendant ou après un cycle de production de poissons.
Cette intégration est applicable à de nombreux endroits. Elle est utile dans les zones arides où l'eau des pluies saisonnières est captée et retenue, et où les réservoirs sont peuplés de poissons. Le système convient également aux régions à forte pluviosité ou à proximité des rivières qui ont un accès abondant à l'eau. La technologie peut être pratiquée dans les zones de plaine inondées de façon saisonnière par les pluies et les plaines inondables s'étendant depuis les bords des rivières et des lacs, mais aussi sur les sommets des collines et les hauts plateaux pour stocker l'eau par gravité.
La pisciculture peut être intégrée à tous les types de cultures, mais les légumes et le riz sont les plus courants. La taille et le type d'étang piscicole et de cultures associées peuvent varier considérablement en fonction des objectifs de production et du niveau d'investissement. Dans leur forme la plus simple, les systèmes intégrés d'aquaculture et d'agriculture fonctionnent à proximité d'un étang d'élevage ou d'un bassin de décantation ou sont reliés par des opérations de pompage combinées. Pour les systèmes aquaponiques avancés, des filtres supplémentaires, des lits surélevés ou flottants et des tuyaux de recirculation peuvent également être nécessaires.
Les étangs ou réservoirs doivent être placés à proximité des champs ou des serres pour faciliter les opérations et minimiser le pompage. Les bassins d'élevage de poissons et les réservoirs de décantation doivent être suffisamment grands pour répondre aux besoins d'irrigation en période de sécheresse tout en répondant aux besoins des bassins. En outre, les agriculteurs peuvent renforcer les canaux et les parois des étangs en les plantant de cultures. Les cultures de plein champ ou les serres adjacentes sont mieux irriguées avec des sillons car les effluents des étangs contiennent trop de sédiments pour l'irrigation par aspersion ou au goutte-à-goutte sans nettoyage. Une autre solution consiste à prélever l'eau à la surface des bassins de décantation à l'aide de vannes d'admission flottantes, puis à la filtrer. Il existe une large gamme d'arrangements aquaponiques, y compris des radeaux en polystyrène flottant à l'intérieur d'un réservoir à poissons et des conteneurs de recirculation avec un flux d'eau continu entre les réservoirs à poissons et les lits de culture hydroponique.
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