Les maladies de la rouille jaune et la rouille de la tige se sont répandues dans toutes les principales zones de culture du blé Afrique orientale et australe. Des températures nocturnes plus fraîches (<15°C), une forte rosée et des pluies intermittentes permettent aux rouilles d'infecter et d'endommager les cultures de blé. Différentes souches de rouille jaune et de rouille de la tige sont présentes dans des zones spécifiques de l'Afrique, de l'Égypte à l'Afrique du Sud. Une seule souche, Ug99 (TTKSK), est présente au Kenya, en Éthiopie, au Soudan, en Érythrée, au Mozambique, au Zimbabwe, en Tanzanie et en Afrique du Sud. En raison de la diversité génétique de ces maladies, la résistance des variétés de blé est développée pour des ensembles particuliers de conditions géographiques.

Il existe des variétés de blé résistantes à une souche spécifique d'une espèce de rouille et d'autres qui sont immunisées contre plusieurs de souches, d'espèces et de types. Plus de 80 gènes de résistance à la maladie de la rouille sont connus et certains sont exprimés dans des variétés de blé résistantes qui sont à la disposition des agriculteurs en Afrique subsaharienne. En Éthiopie, 22 variétés de blé panifiable résistantes à la rouille jaune et à la rouille de la tige ont été homologuées (par exemple Kababa, Shorima, Ogolcho, Wane, Hidasie). Un certain nombre de variétés de blé résistantes à la rouille de la tige Ug99 ont été développées et introduites en Afrique de l'Est au cours des deux dernières années en réponse à l'épidémie dévastatrice. Les variétés de blé disponibles qui résistent aux maladies de la rouille sont caractérisées par un potentiel de rendement moyen ou élevé, et ont une bonne qualité de cuisson. La résistance est souvent perdue en raison du taux élevé de mutation de la maladie fongique, ce qui fait que la durée de vie productive d'une nouvelle variété est plutôt courte et nécessite le développement et le déploiement continus de nouvelles variétés.

La multiplication des semences de blé résistant aux maladies de la rouille se fait après que les variétés aient subi des essais de vérification et d'adaptation, ce qui nécessite environ un an pour que les agriculteurs aient accès à la nouvelle technologie. En cas d'épidémies graves, il est possible de procéder à une multiplication accélérée des semences tout en testant les nouvelles variétés sur le terrain pendant la saison principale et la saison secondaire, ce qui permet aux agriculteurs d'avoir accès au matériel génétique résistant moins d'un an après sa diffusion. La multiplication des semences de blé résistant aux maladies de la rouille comporte deux étapes. Dans un premier temps, les semences de première génération ou de base sont produites par les centres de recherche agricole et, dans un deuxième temps, elles sont transmises à des sociétés semencières privées, à des entreprises semencières publiques, à des unions de coopératives agricoles, à des associations de producteurs de semences agricoles et à des agriculteurs modèles pour la multiplication de grands volumes de semences certifiées. Les variétés de blé résistantes à la rouille jaune et à la rouille de la tige sont cultivées avec la même densité de plantation et le même apport d'engrais minéraux que les autres cultivars de blé améliorés, conformément aux recommandations locales. Une pulvérisation de fongicide peut également être nécessaire dans certains cas pour assurer la protection de la culture.